Centralt i museets søfartssamling er Ellingåskibet som er dendro-kronologisk dateret til 1163.Det er vraget af middelalderskib, som er forlist i Ellingå`s udmunding engang i slutningen af 1100-tallet.
Skibet er unikt og viser mange detaljer om skibsbyggeriet i overgangen fra vikingetid til tidlig middelalder. Det er klinkbygget og af nordisk type – og er efterfølgeren til vikingeskibet, som det ofte forveksles med.
I samme udstillingshal som Ellingåskibet vises også Voersåroret, der er fundet i havet ud for Voerså i 1958. Et sideror, der har været brugt til at manøvrere skibe med. Roret er typologisk dateret til slutningen af 900-tallet og stammer derfor fra vikingetiden. Detaljer på Ellingåskibet viser, hvor og hvordan roret har fungeret – og hvorledes disse skibe blev manøvreret.
Museet råder over en af landets største samlinger af galionsfigurer og skibsornamentik. Et væsentligt udtryk for skibsfarten før 1900-tallet, specielt sejlskibsfarten. Skibsornamentik begrænses i 1900-tallet til skorstensmærker. Galionsfigurerne afspejler forskellige traditioner og udtryk; lige fra en afbildning af skibsrederen selv og til ørnen som beskytter af skibet.
Denne figur stammer fra barkskibet Charles Kahl af Stralsund, som strandede ved Stenbjerg på vestkysten i 1898. Besætningen på 11 mand blev alle reddet med redningsvæsenets raketapparat.
Det forlyder, at redderen Charles Kahl som yngre drømte om en skuespillerkarriere. Hans drømmerolle var D'Artagnan fra De Tre Musketerer.
Tilsyneladende stod talentet ikke mål med drømmene, hvorfor han i stedet lod sig afbillede som galionsfigur!
Ligeledes findes en stor samling af skibsmodeller. Som værftsby var Frederikshavn central i slutningen af 1800-tallet og frem til slutningen af 1900-tallet. Der er bygget tusindvis af skibe i byen, og der vises nogle af de centrale skibstyper, værfterne har bygget.
I slutningen af 1800-tallet fik mange fiskekuttere dampmaskine på dækket og andre almindelig motor i skibet. Fiskerne var ikke glade for at få lavet hul i agterstavnen til en skrueaksel: Det en uskik at lave hul under vandlinien.
Opfindsomheden var stor i byen, så smedemester Seider udviklede en cykelskrue, hvor kraftoverførslen til skruen var over vandlinien.
Som supplement til skibsmodellerne ses også en række skibsmotorer, heraf to fra de frederikshavnske motorfabrikker, Bdr. Houmøller og Gamma. Det havgående fiskeri i Danmark begyndte i Frederikshavn i slutningen af 1800-tallet, og værfterne og skibsmotorfabrikkerne blev Frederikshavns krumtap i den industrielle udvikling.
Alpha-motor fra 1911. Den er lavet af Brdr. Houmøller og har sidst været i brug i 1969.
Da Frederikshavn var den sidste havn på Jyllands østkyst frem til begyndelsen af 1900-tallet med færgefart, fiskeri, lodsvæsen, skibs- og motorproduktion, afspejles det også i museets store samling af skibsportrætter og malerier fra havnelivet. Havneassistent og maler, Carl Damm, er rigt repræsenteret med en lang række skibsportrætter, ligesom flere marinemalere også har været en tur i byen: Oscar Møller, Thorolf Pedersen o.a.
Oscar Møller, havneparti o. 1893
Thorolf Pedersen, havnen o. 1890
Galionsfigurer
Inderen - formentlig fra en norsk skonnert, der strandede ved Hirsholmene o. 1900.
Denne figur menes at stamme fra en stranding ved Ringkøbing o. 1860
Ørnen bærer en forgyldt jordkugle i kløerne
Maleri af C. Damm, 1837 Frederikshavn, den gamle havn